Слухове за прегряващия iPhone 3GS започнаха да се носят в дигиталното пространство преди около седмица, скоро след като Apple пусна смартфона на пазара. Сега от компанията отправиха предупреждение към потребителите, че не трябва да оставят телефона на директна слънчева светлина или на горещи места, и че той ще ги предупреди, ако е прегрял. От Apple също споменаха, че телефонът може да прегрее ако някои апликации, като GPS или музикалния плейър, се използват твърде дълго време без прекъсване. The Guardian твърди, че причината за това би могла да бъде батерията, особено ако телефонът не е бил зареждан вече няколко пъти. По-малко вероятно е причината да е в процесора, защото той е по-бърз отколкото при 3G – 600 MHz в сравнение с 400MHz.